वनस्पतींच्या मुळांच्या जवळ असल्यामुळे, मातीचे सूक्ष्मजंतू माती आणि पीक आरोग्यावर लक्षणीय परिणाम करतात. ते करत असलेल्या काही क्रियाकलापांमध्ये नायट्रोजन-फिक्सेशन, फॉस्फरस विरघळवणे, कीटक आणि रोगजनकांचे दडपण, वनस्पती तणाव सुधारणे आणि माती एकत्रीकरणास कारणीभूत असलेले विघटन यांचा समावेश होतो .