पाण्यातून वाहून आलेल्या या रासायनिक खतांमुळेही जल प्रदूषण होते. जमिनीवरील रासायनिक खते द्रवाच्या रूपात पाझरून भूजलसाठ्यात मिसळून भूजल प्रदूषित होते. काही वेळा रासायनिक खतातील उर्वरित भागाचा उपयोग शैवालांच्या पोषणासाठी होतो. त्यामुळे शैवालांची वाढ जलद व दाट होते