बॅक्टेरियाद्वारे रूपांतरित झालेला अमोनिया, वनस्पती शोषून घेतात. बॅक्टेरिया वातावरणातील नायट्रोजनचे रूपांतर नायट्रेट (NO2-) आणि नंतर नायट्रेट (NO3-) मध्ये करतात. या प्रक्रियेस नायट्रीफिकेशन म्हणतात आणि या बॅक्टेरियांना नायट्रीफाईंग बॅक्टेरिया म्हणून ओळखले जाते.