एल निनोमुळे उन्हाळ्यात कोरडा, अपुरा मान्सून आणि हिवाळ्यात भारतीय उपखंडात सौम्य हवामान होऊ शकते. परिणामी, त्याचा शेतीवर परिणाम होतो आणि परिणामी दुष्काळासारखी परिस्थिती निर्माण होते. शेंगदाणे, मका, गवार, एरंडेल, मूग, तूर आणि इतर अनेक पिकांना एल निनो परिस्थितीत मोठा फटका बसतो.