पाणी हा सर्व सजीवांसाठी अत्यावश्यक घटक आहे. वनस्पती आजूबाजूच्या परिसरातून पाणी घेतात. ज्यांची रचना साधी आहे, त्या सभोवताली उपलब्ध असलेल्या पाण्याचा वापर सूक्ष्म पाणवनस्पती करतात. पाणवनस्पतींसाठी पाण्याची उपलब्धता जास्त असते, त्यामुळे त्यांच्या मुळांची आंतररचना जमिनीवरील वनस्पतींपेक्षा थोडी निराळी असते.