त्याचे चार मुलगे - दारा शिकोह, मुराद बख्श, शाह शुजा आणि औरंगजेब - त्याच्या संभाव्य मृत्यूच्या तयारीसाठी सिंहासनावर लढू लागले. औरंगजेब विजयी झाला, आणि 1658 मध्ये त्याने आजारातून बरे होऊनही शहाजहानचा पाडाव केला आणि 1666 मध्ये त्याच्या मृत्यूपर्यंत त्याला आग्रा किल्ल्यात बंदिस्त केले