खनिज खाणीमुळे निवासस्थान बदलते तसेच स्थानिक जैवविविधतेचे नुकसान होते आणि प्रजातींच्या समुदायांमध्ये बदल होतो. खाणकामाचे अप्रत्यक्ष परिणाम जसे की समुद्रातील गाळ पसरणे आणि समुद्राच्या तळातून सोडले जाणारे हानिकारक पदार्थ सागरी पर्यावरणाच्या स्थितीचे असंतुलन करण्यास कारणीभूत ठरतात