रासायनिक खते, कीटकनाशकांच्या अतिवापरामुळे हवा, माती आणि जल प्रदूषण होते . जास्त उत्पादन देणार्‍या पिकांना पाण्याची जास्त गरज असल्यामुळे भूगर्भातील जलस्रोतांचा ऱ्हास होतो.